допустим есть код баннера от партнерской программы... или рекламный блок от Бегуна или Яндекс-Директа....
куда вставлять код? какой файл за это отвечает?

персонально я вставлял в templates/original(здесь и другой скин указать можно)/footer.tpl
Но это в низ странички...

- вставляется код (низ форума) поисковых систем - .../data/counters.php
- шапка (верх форума) - .../templates/InvisionExBB/logos.tpl