Обычно в php.ini установлены ограничения на время работы скрипта (30 секунд как правило) и на занятую память (здесь всегда по разному). Если скрипт индексации не успевает отрабатывать за 30 секунд или требует слишком много памяти - его автоматически прибивает сервер. Не знаю, останется ли база данных в рабочем состоянии после такого. Можете попробовать создать отдельный форум и зафлудить его "войной и миром", и попробовать проиндексировать.

Леголегс,
не, проблема не в этом, скрипт индексации запускается кроном, а тут обычно сеттаймлимит отрубают.

Просто сам по себе поиск перестает работать, когда база большая - вот главный недостаток работы с файлами в PHP.

В смысле перестаёт? Памяти не хватает или какие-то ещё ограничения? Когда памяти не хватает всегда можно извернуться и сэкономить.

Да черт его знает что происходит! Результаты не все выдавать начинает, и.т.п.