Официальная позиция Microsoft за 1 единственный раздел на диске. Связано с параметром Prefetch отвечающим за автоматическую перетасовку данных для более быстрой загрузки Windows XP. Отмечу, что Windows Server 2003 (А у меня стоит она) папка %SYSTEMROOT% не попадает под перемещение, а потому есть смысл в отдельном системном разделе.
А вообще, тема очень спорная, каждый опытный пользователь сам выбирает наиболее удобный ему вариант... После полного перехода на NTFS я обычно выделяю на основном HDD 15-20 Гб под систему с документами, а остальное — остальному

Вытаскивать документы из-под рухнувшей системы лучше с помощью WinPE, которая понимает NTFS. Ну а бэкап — само собой. Предпочитаю дублировать критические данные на второй хард.